De arbeidsfysiotherapeut houdt zich bezig met klachten en aandoeningen van het houding en bewegingsapparaat, die mede het gevolg zijn van het werk of die het werken beperken. De arbeidsfysiotherapeut houdt zich vooral bezig met de arbeidsrelevante problemen van de individuele werknemer. Daarmee zich onderscheidend van de bedrijfsfysiotherapeut die zich vooral richt, om het bedrijf zelf van advies te voorzien.
In tegenstelling tot de reguliere fysiotherapeut die in zijn praktijk adviezen en instructies geeft aan de cliënt, is de arbeidsfysiotherapeut actief betrokken in de interactie tussen de werknemer en werkomgeving. Een intake in de werkomgeving geeft de arbeidsfysiotherapeut een goede indruk van de arbeidsomstandigheden. Zelfs een goed ingerichte werkplek geeft nog niet de garantie dat er op de juiste wijze gebruik van wordt gemaakt. Om tot een goed resultaat te komen trachten werknemer, werkgever en arbeidsfysiotherapeut samen een oplossing te vinden bij arbeidsrelevante fysieke gezondheidsproblemen om te komen tot: vermindering verzuim, voorkomen van blijvende uitval, bevordering van zelfmanagement (gedragsverandering) en verbeteren van het algemeen welbevinden.